it is a pity you did not come in whith us-после come правильно in?

что то должно быть после come-такое задание

хм, странно. Может, там можно вставить "here" или "at the cinema/theatre/park"

если оставить come in,то по сути получится "Жалко, что ты не вошел с нами", потому что come in - входить.если убрать In, то предложение уже звучит адекватнее "Жаль, что ты не пошел с нами"