Why___Tom___(to leave)home so early?
She has never travelled by ship,___(to do)she?

В первом вопросе нет слов, указывающих на время совершения действия,поэтому возможны 2 варианта:Why did Tom leave home so early?Why has Tom left home so early?Во втором вопросе в хвостике НИКАК не может быть глагол do,т.к. в главном предложении стоит Present Perfect, вспомогательный глагол has,он и пойдёт в хвостик.........,has she?/