1. I think John is going to come today.-почему в этом предложении употребляется -be going to- если речь идет о предположении,основанном на чувстве(а это future simple, -will+v1-)?
2. I'm sure they will be here before 9 o'clock. - Предположение,основанное на чувстве ( future simple, -will+v1-) и в то же время действие,которое закончится к опр. времени ( future perfect ) Почему употребленно простое время?

1. Использовалось бы will, если бы в предложении было "думаю, я пошёл бы к Джону сегодня вечером". В данном же предложении гоинг то относится к Джону. Джон-то собирался (планировал) куда-то.2. Это внезапное предположение, о том, что они придут к определенному времени. Это не что-то, что начинается и заканчивается, это просто "они придут до 9". 

1. John is >planning< to come, hence, the -ing construction. "John will come" means that John has just set his mind on coming, right at the moment of his uttering it.2. "I'm sure (that) they are going to be here" means that the speaker is sure of their >plans< of coming, i.e. not of their actual coming."We will come" - that's how they must have said it. "I" has heard them saying it, so he is sure that they will come.