Children ... the window before she ....
a) had broken/ had come
b)had broken/came
с объяснением

Children had broken the window before she came.Сначала используется время Past Perfect , затем Past Simple.

Children had broken the window before she came.Сначала используем время Past Perfect для выражения результата в прошлом нам помогает слово-маячок before, затем используем Past Simple для обозначения действия в прошлом, во второй части предложения Past Perfect будет некорректным, поэтому используем Past Simple.