как вы считаете, почему в каких органеллах, как митохондрии и хлоропласты, присутствует собственная молекула ДНК, а в других, например таких, как эндоплазматическая сеть, комплекс Гольджи , рибосомы, вакуоли, клеточный центр,-отсутствует?

Потому что митохондрии и хлоропласты, возможно, когда-то были самостоятельными клетками, но в какой-то момент вступили в симбиоз с другой клеткой и стали работать вместе как единый организм.