Почему в популяциях сохраняются вредные генные мутации? Каково значение этих
мутаций для эволюции?

На то они и доминантные (лидирующие, более сильные) гены, что вытесняют собой недоминирующие, а потому и имеют всё большее распространение. Вспомните эксперименты Менделя с горохом.