Почему один и тот же отдел называют двумя разными названиями: покрыто семенные или цветковые?

Разница в способности размножения. Первые из них в прямом смысле покрыты семенами (например папоротник), а вторые сначала цветут, потом появляется плод, в котором и созревают семена