В чем различие сцепления с X и Y хромосомой?

У человека Y-хромосома гораздо меньше, чем Х-хромосома, поэтому она не содержит некоторые гены.  Эти гены у мужчин имеются только в одном экземпляре (в Х-хромосоме), поэтому они всегда проявляются, даже если они рецессивные. Например, по гемофилии женщина может быть нормальной ХНХН, носительницей ХНХh и больной XhXh, а мужчина – только здоровый XHY или больной XhY. 

Это полный ответ,а так различие имеется в размере

В том что признаки которые лежат на Х-хромосоме могут передаваться как девочкам так и мальчикам, а признаки на У-хромосоме будут передоваться только от отца к мальчику, девочки эти хромосому не наследует.