почему мы видим не все органеллы?

Потому что некоторые органоиды на столько молы, что приближение светового микроскопа не позволяет их рассмотреть. (нужно использовать электронный микроскоп). Мы можем увидеть: ядро, оболочку растительной клетки, хромосомы в момент деления, пластиды (хлоро-, хромо- и лейкопласты).