почему эндобионты, обитающие в организме хозяина, могут быть и вредными паразитами, и полезными симбионтами?

Потому что они бывают разные: полезные и вредные. Полезные нужны и хозяину, например, бактерии в толстой кишке человека могут перерабатывать клетчатку (а человек не может), а мы им за это место жительства и пищу (клетчатку).А с вредными и так понятно: они вредят хозяину, например, блохи, клещи, паразитические черви.