В основе повышения урожайности культурных растений за счёт внесения удобрений,рыхления почвы лежит изменчивость?

Да, лежит изменчивость. Если удалить аграрные формы, то культура потеряет свою урожайность и снова вернет ее при возврате агрокультуры.