Почему в настоящее время в одной и той же среде обитания одновременно существуют древнейшие, примитивные и высокоорганизованные

Потому что их экологические ниши никогда не будут полностью перекрыты, но идет сильная конкуренция, в результате которой высокоорганизованные виды, естественно, занимают господствующее положение, потому что, древнейшие виды адаптированы лишь к тем условиям, в которых они существовали раньше, примитивные виды не полностью приспособлены к условиям внешней среды (у них, например, отсутствует забота о потомстве, короткие жизненные циклы и т.д.)