Несмотря на то, что большинство моховидных относится к однодомным растениям, кукушкин лен двудомный. Как известно, двудомными считаются растения, у которых выделяются органы женского и мужского пола. У кукушкина льна тоже так, есть мужские короткоживущие побеги, с коробочкой для спор на конце, и есть многолетние побеги (гаметофит) женского пола.