Закон независимого наследования — каждая пара признаков наследуется независимо от других пар. Поэтому происходит расщепление 3:1 по каждой паре. При скрещивании двух гомозиготных особей, в случае если они отличаются между собой по несколькими парам признаков, гены (соответственно присущие им признаки) передаются следующему поколению независимо друг от друга, а также сочетаются в различных комбинациях. Когда скрещивались растения, которые различались по нескольким признакам, то наследование каждого из признаков придерживалось первым двум законам Менделя, а в потомстве признаки комбинировались таким образом, словно их наследование происходило независимо. Первое поколение после скрещивания имело доминантный фенотип. А во втором поколении наблюдалось расщепление фенотипов в пропорции 9:3:3:1.