Половое размножение спирогиры называется конъюгацией. При конъюгации в процессе слияния двух клеток отдельных особей спирогиры образуется зигота. Далее у зиготы формируется толстая оболочка, в тот момент происходит трансформация в зигоспору. В таком виде она переживает неблагоприятные условия. После мейотического деления зигоспора \"даёт\" четыре споры. Одна из спор прорастает в молодую спирогиру. Все стадии, кроме стадий зиготы и зигоспоры, гаплоидные, а вот зигота и зигоспора - диплоидные.