У этих животных значительные различия. Самое основное, пожалуй, то, что у позвоночных присутствует позвоночник, а у беспозвоночных его нет. Кроме того, эти животные отличаются внутренним строением как отдельных органов, так и целых систем. Например, у позвоночных скелет внутренний и представлен в виде хорды, а у беспозвоночных - наружный. Отличие даже в кровеносной системе - у позвоночных она замкнутая, а беспозвоночных - незамкнутая (исключением есть кольчатые черви).