Водоросли могут приносить не только пользу, но и вредить. Обильное размножение сине-зеленых водорослей может приводить к тому, что водоем начинает цвести. Это портит внешний вид, появляется неприятный гнилостный запах, другие растения и рыба от недостатка кислорода в воде гибнут. Если они попадают в питьевую воду, то портится ее вкус и вода становится непригодной для использования. Могут вызывать засорение в фильтрах аквариума и вызвать гибель рыб. Такие водоросли (нитчатка, черная борода) очень тяжело уничтожить. Есть водоросли, которые образуют густые заросли и мешают проходить кораблям.