Существует четыре вида сред обитания: наземно-воздушная, водная, почвенная и другой организм. Наземно-воздушная среда характеризуется большим диапазоном температур, наличием атмосферного кислорода и обилия солнечного света. В этой среде обитают животные (млекопитающие, птицы, пресмыкающиеся, земноводные и другие), насекомые, микроорганизмы, простейшие, вирусы, растения и грибы. Водная среда является обителью для рыб, простейших, бактерий, некоторых млекопитающих, растений. Здесь меньше солнечного света (до некоторых глубин вовсе не доходит), имеются плавные переходы температурного режима, защита от ультрафиолета. Почвенная среда населяется организмами не глубже 5-8 метров - дальше идёт повышение температуры и снижение концентрации кислорода. В почвенной среде живут млекопитающие, кольчатые черви, бактерии, простейшие, некоторые растения и грибы. Среду внутри другого организма занимают паразиты (круглые/плоские черви, некоторые членистоногие, бактерии, вирусы) или организмы-симбионты.