Метод центрифугирования является самым легким и эффективным. Каждый органоид клетки имеет свою определенную массу. Согласно своей массе и плотности при центрифугировании различные элементы выпадают в осадок за различное время (при одинаковых оборотах в минуту) . Например, ядра клеток будут легче выпадать в осадок, чем рибосомы.