В первую очередь лишайники являются индикаторами загрязнений воздуха - их не бывает, если воздух загрязнен вредными газами. Лишайники синтезируют органические вещества в тех местах, куда не добраться другим организмам. Так же они участвуют в почвообразовании - разрушают горные породы, на которых они живут. Кроме этого есть кормовые лишайники, которую играют важную роль в хозяйстве - они являются кормом для животных, некоторые виды съедобны и для человека.