Простейшие в пищеварительной системе занимая свою биологическую нишу, препятствуют колонизации кишечника патогенными организмами, которые вызывают болезни. Принимают участие в пищеварении, ферментируют клетчатку и другие пищеварительные волокна. Закисляют полость кишечника, тем самым создают неблагоприятные условия для болезнетворных микробов. Вырабатывают ряд незаменимых для человека витаминов и микроэлементов, например, витамин К, который останавливает кровотечения.