Круглые чери имеют первичную полость тела, в то время как у плоских такого нет. Круглых черви имеют проходящий насквозь кишечник с анальным отверстием, в то время как у плоских он замкнутый и отверстие есть только ротовое. Круглые раздельнополые, в то время как плоские - гермафродитные.