Оба растения являются двудольными, а значит оба имеют стержневую корневую систему, так же они имею хорошо развитый всасывающий слой. Различия заключаются в том, что верблюжья колючка имеет длинный корень, с глубоко расположенными горизонтальными ответвлениями, а корневая система эхинокактуса преимущественно поверхностная.