Мегаспорангій на самих шишках, як правило, невидимий, так як розташовується всередині. Внутрішньою частиною мегаспорангію є гаметофіт, який вирощує мегаспори, які, в свою чергу, дають початок розвитку насіння. Насінний зачаток може мати різний вигляд в залежності від виду рослини. Зазвичай, насінний зачаток має форму малих, округлих об'єктів з одного боку, де його з'єднує з рештою рослини, утвореного з тканин оболонки насіння, а з іншого боку може мати пучок з активно ростових клітин, які забезпечують початок розвитку нової рослини.