Биология, уровни организации природы

Одновременно все))) Клеточный - ибо отдельные клетки, организменный - ибо микроорганизмы тоже организмы, п-видовой - ибо любая совокупность микробов является экосистемой/консорциумом/банально просто набором видов/штаммов.
Ох уж эта кривая и конформная школьная биология...

Если рассматривал детали внутреннего строения то клеточный и организменный одновременно (простейшие - организмы на клеточном уровне организации). Если выявлял видовые отличия разных представителей - популяционно-видовой.