Почему при перевозке на пароходах и баржах семян, особенно бобовых
культур, попадание даже сравнительно небольшого количества воды в трюм
может привести к катастрофическим последствиям?

Если семена в трюме россыпью, при попадании воды они набухают, что может привести к разрыву трюма. Судно просто потонет, вот вам и катастрофические последствия.