Положительное значение бактерий определяется их участием во многих биологических процессах, особенно в круговороте веществ в природе. Бактерии, в результате своей жизнедеятельности, способны разлагать сложные органические соединения до простых неорганических веществ, которые снова используются зелеными растениями. Бактерии способны разлагать белки, углеводы, жиры. Ферментативное анаэробное разложение углеводов называется брожением, а ферментативный анаэробный распад белков и аминокислот - гниением. Отвратительный запах, сопровождающий разложение пищи и организмов растений и животных, обусловлен азот- и серосодержащими веществами, образующимися при гниении. Соединения, образующиеся в результате деятельности бактерий одного типа, могут служить источником энергии для бактерий другого типа. В процессе дыхания (т.е. в присутствии кислорода) выделяется, а тем более запасается, больше энергии, чем в процессе брожения.