Нужно поставить слова в правильном порядке, чтобы образовать вопрос:He wondered how long John was going to stay there? Он подумал о том, сколько времени Джон собирается пробыть там (находиться, проживать). Если глагол wonder стоит в прошедшем времени, то это значит, что вопрос не был произнесен вслух, а о нем только подумали. Получился косвенный вопрос, поэтому можно вопросительный знак не ставить в конце.