Mother was cooking at the kitchen when we came. Мама готовила, когда мы вошли. Действия совершались в прошлом. Поэтому необходимо использовать past tense. Из контекста видно, что мама совершала действия (готовила), когда мы пришли. Поэтому в первой части предложения используется Past Continuous. Во – второй части, идет речь о факте, который свершился (мы пришли), здесь надо употребить Past Simple.