Почему слово он и пенал это разные части речи

Чтобы ответить на этот вопрос, вспомним что такое существительное и местоимение. Местоимение - это самостоятельная часть речи, которая обозначает предмет, отвечает на вопросы кто? что? при этом предмет не называется. Существительное - тоже самостоятельная честь речи, отвечает на те же вопросы, обозначает предмет, при этом называет его. В этом и есть разница этих частей речи. Пенал - существительное, так как предмет назван, а он - местоимение, так как непосредственно название предмета отсутствует.