Никто не должен знать, кто ты. Это сложное, сложноподчиненное предложение, которое состоит из двух простых предложений. Главная часть - никто не должен знать (подлежащее - никто, сказуемое - не должен знать), придаточная - кто ты (подлежащее - ты), соединены союзным словом \"кто\". Между ними ставится запятая.