Малина и малиновка- однокоренные слова?

Да, слова малиновка и малина являются однокоренными. У них общий корень -малин-.

Согласно правилам русского языка однокоренные слова- это слова, имеющие различное лексическое значение, но один и тот же корень. Других правил нет.

Хоть малиновка и птица. Название она свое получила благодаря наличию красивой малиновой грудки. А слова малина, малиновый точно однокоренные.