Что с возу упало то пропало грамматическая основа

Грамматическая основа в предложении включает в себя подлежащее и сказуемое (если предложение двусоставное), либо подлежащее или сказуемое (если предложение односоставное). 

Предложение сложноподчиненное, в нем две грамматические основы: 

1. Что упало. Подлежащее - что, выраженное местоимением; сказуемое - упало, выраженное глаголом.

2. То пропало. Подлежащее - то, выражено местоимением; сказуемое - пропало, выражено глаголом.