Надо правильно выбрать Whats colour is/are your eyes?

What colour are your eyes? - Какого цвета твои глаза?

What (что?) - вспомогательное слово, с помощью которого задается вопрос.

colour - цвет;

eye - переводится как глаз, но в данном предложении стоит в форме множественного числа:

eyes - глаза;

Наше предложение дословно можно перевести: Какой цвет имеют твои глаза?

Слово \"глаза\" стоит во множественном числе, которую можно заменить местоимением They (они), а значит глагол-связка To be будет форму множественного числа - ARE;

What colour are your eyes? - Правильный вариант будет таким.