Вставь was/was't или were/weren't ... you at school yesterday?

Was и were - это формы неправильного глагола to be (быть) во времени Past Simple. Форма was употребляется, если подлежащее выражено местоимением или существительным в единственном числе, за исключением второго лица. Во всех остальных случаях употребляется форма were. В нашем случае подлежащее выражено местоимением второго лица you, соответственно, выбираем форму were:

 Were you at school yesterday? - Ты (вы) был(-и) вчера в школе?