Сколько грамматических основ в этом предложении? Федя неизменно жалел, что иногда вот так, из упрямства, ведет себя так,

В этом предложении всего три грамматических основы, так как предложение сложно подчинённое, с последовательным подчинением, то есть в нём одно предложение главное и два придаточных.

Первая грамматическая основа Федя жалел. Вторая грамматическая основа ведёт себя. Третья грамматическая основа Стёпка в тягость.