The fire... for twelve hours in the forty-storey building by the time it was finally put out by the fire brigade. A)

The fire had been raging for twelve hours in the forty-storey building by the time it was finally put out by the fire brigade. Огонь в сорока-этажном здании бушевал в течение двенадцати часов, к тому времени, как он наконец был потушен пожарной бригадой. B) had been raging - Past Perfect Continuous - длительное действие, которое окончилось до определенного момента или другого действия в прошлом.