She works .... school.she works ..... shop.he works ..... farm.he works .... cafe.she works .... office.

She works at school, she works at a shop, he works at a farm, he works in a cafe, she works in office.    

in = в (внутри, т.е. по смыслу ближе к inside), on = на (буквально на чем-то), at = в, на (когда речь не идет о буквальном расположении внутри чего-то или на чем-то).

Например:

I study at school. – Я учусь в школе.

 В этом предложении подразумевается около, внутри, рядом со школой или даже просто на территории школы. Т.е. суть не в том, что я учусь исключительно в здании школы (внутри школы), а это более абстрактное понятие.