Сделайте предложение в косвенном виде : Tom said:"I have already had the breakfast"

Перевод:

Том сказал: «Я уже позавтракал».

При переводе из прямой речи в косвенную надо обратить внимание на то, в каком времени стоит глагол-сказуемое в главном предложении. У нас это Past Simple (Tom said).

Действие придаточного предложения произошло раньше, чем Том о нем сказал (сначала он позавтракал, а потом уже сказал об этом), значит, ставим глагол-сказуемое придаточного предложения в Past Perfect.

Также меняем местоимение I на he.

Получаем:

Tom said (that) he had already had breakfast.