на месте каких цифр должны стоять запятые? Кометы(1)хотя они точно так же,как и планеты(2)вращаются вокруг Солнца (3)планетами(4)все

Разберем все указанные запятые:

1) Запятые под номерами (1) и (3) отделяют части сложного предложения (две грамматические основы: кометы не являются и они вращаются).

2) Запятая под номером (2) обособляет сравнительный оборот (как и планеты).

3) Запятую под номером (4) ставить не нужно по смыслу. Нет обособленного обстоятельства, присутствует простое обстоятельство \"все же\".