Yesterday my pupils (have) three lessons

Yesterday my pupils had three lessons.

Пояснение: слово yesterday (вчера) указывает на Past Simple Tense (простое прошедшее время). Предложение утвердительное, поэтому глагол-сказуемое ставится во вторую форму. Так как глагол have неправильный, то вторую форму смотрим по таблице неправильных глаголов во втором столбике напротив.