Обнаружилось оно высоко уже и сначала проступило в тумане лишь призрачным светом, (1) а потом обозначило себя,(2) как

Определим количество грамматических основ в предложении:

(Кто?) оно - подлежащее (местоимение).

Оно (Что сделало?) обнаружилось и проступило - однородные сказуемые (глаголы).

Подлежащего во второй части предложения нет.

(Что сделало?) обозначило - сказуемое (глагол).

В предложении две грамматические основы, следовательно, оно сложное.

Запятая (1) разделяет части сложного предложения, связанные сочинительной связью.

Запятые (2) и (3) выделяют сравнительный оборот (\"как в затмении\").