Как правильно In the morning my mother ( cooks / is cooking ) breakfast for us.

Правильный ответ будет таким: In the morning my mother cooks breakfast for us. - Утром мама готовит завтрак для нас.

Этот вариант правильный, потому что действие случается постоянно, мама каждое утро готовит завтрак нам, и как результат предложение написано во времени Present Simple Tense. Второй вариант неверный, так как использование Present Continuous подразумевает действие, которое исполняется прямо сейчас, в данный момент.