На дне реки в вязкой, густой темноте, раскаленным угольком, тлел бакен, а на той стороне, у самой воды, полыхал белый

На дне реки в вязкой густой темноте раскаленным угольком тлел (сказуемое) бакен (подлежащее), а (сочинительный союз) на той стороне, у самой воды, полыхал (сказуемое) белый клочок (подлежащее) огня.

Простые предложения в составе сложносочиненного связаны друг с другом при помощи сочинительного союза (а, но, да, и так далее). В бессоюзных предложениях используются знаки препинания - тире, двоеточие и так далее.