Но уже темнеют реки,тянет кверху дым костра. Отошли грибы, орехи... смотришь, утром со двора скот не вышел. словосочетание

Словосочетаниями в переносном значении являются:

1. Темнеют реки (возможно, если речь идёт о наступлении зимы, то становится холоднее, солнце светит не так ярко, дни короче и темнее, ночи длинные. Отсюда и реки уже не так блестят, становятся темнее) ; 

2. Отошли грибы, орехи ( то есть закончились, перестали расти ; закончился сезон сбора; они пропали).