Переделать в косвенную речь He asked “What are you doing"?

Чтобы изменить прямую речь в косвенную в английском языке нужно соблюдать правила согласования времён. Если в главном предожении использовано прошедшее время, то в придаточно предложении нельзя употребить формы настоящего или будущего времени и нужно изменть временную форму глагола на форму прошедшего времени. В предложении - He asked “What are you doing\"? - нужно во второй части изменить Present Continuous на Past Continuous. 

He asked what you were doing. или He asked what he/she was doing. Выбор местоимения зависит от того о ком говорится в предложении.