Недалеко от моего дома, в деревне, протекала река Нерль. Она шла, извиваясь, в красивых берегах около песчаной осыпи,

Недалеко от моего дома, в деревне, протекала река Нерль. В данном предложении в роли уточнения выступает обстоятельство места \"в деревне\", оно сужает понятие уточняемого обстоятельства \"недалеко от моего дома\".

Летом при солнце и жаре приятно пахло водой и тиной. Данное предложение односоставное, безличное, с грамматической основой пахло водой и тиной.