What time have you finished your work? или What time do you finish your work?

What time do you finish your work?

Когда ты заканчиваешь работу?

Пояснение: Present Perfect Tense (настоящее совершенное время) служит для того, чтобы сообщить о действиях в прошлом без точного указания времени. В вопросительном предложении как раз таки время и спрашивается. Поэтому верным будет использование второго варианта - сказуемое в Present Simple Tense (простом настоящем времени).