Наташа села и взяла на колени брата,укрыв руками его голову от ветра и дождя.Антошка приподнялся на коленях Наташи и

Заголовок данного отрывка произведения - \"под небом\". Мне кажется, такой заголовок подходит, так как \"небо\" тоже является главным героем данного отрывка произведения. Дети прячутся от дождя, смотря на величественное и такое далекое небо, причину этого дождя.

Но также подходит и заголовок \"под дождем\", так как дети прячутся от дождя. 

Альтернативный вариант заголовка - \"брат и сестра\", так как говорится от взаимоотношениях близких людей: сестра защищает своего брата от холода, дождя и грозы.