I have been working for last two nights .... or I had been working for last two nights ...?

Здесь будет правильным первый вариант: I have been working for last two nights. Потому что в нём употреблено время Present Perfect (have +3 форма глагола), которое говорит о том, что действие выполнено к данному моменту, недавно (for last two nights). А второй вариант неправилен, т.к. в нём Past Perfect, который сообщает, что действие было выполнено до какого-то действия в прошлом. То есть, например: Before 1999 I had been working here for two years (до 1999 года я работал здесь в течении двух лет).